Em 1614 foi criada a Irmandade dos Santos Mártires Abdon e Sénen “cujas relíquias, por testamento do Dr. Francisco de Campos, em 1608, contidas em cofre de veludo carmesim de ferrugem dourada, foram doadas a Vila Cova e entregues a João Nunes, morador nesta Vila, como procurador da Câmara”, (conforme Dra. Maria Teresa Pinto Mendes). Entretanto, em 1723 há notícia de uma outra Irmandade: a das Almas.
Sobre a Santa Casa da Misericórdia não há qualquer informação sobre a data da sua fundação.
O que se sabe é que em 1755 terá acontecido a fusão da referida Irmandade das Almas com a Irmandade da Santa Casa.
Uma colecção de Livros de Actas e de Contabilidade poderá ser fonte histórica de informação quantitativa e qualitativa sobre a História da Irmandade da Santa Casa da Misericórdia. Por outro lado, existem Estatutos de períodos anteriores ao actual que são fontes documentais para a percepção do carácter organizativo, social e religioso da Irmandade. Por exemplo, os Estatutos de 1888 referem que as “receitas eram aplicadas em médico para socorrer os pobres da freguesia, para comprar medicamentos, para vestir alguns pobres pela Semana Santa, para ajudar a construir a casa da escola e fornecer livros e material escolar a alunos também pobres”, (Dra. Maria Teresa Pinto Mendes).
Após um período de algum apagamento, em que a Irmandade apenas se manifestava em actos religiosos, com o advento do 25 de Abril e a implantação de uma politica social para o País, coube á Irmandade a tarefa de se constituir como Instituição Particular de Solidariedade Social e prestar apoio social a crianças, idosos e carenciados da Freguesia.
Contudo, ainda recentemente, viveu esta Irmandade períodos conturbados, devido a gestões erradas e pouco rigorosas, que quase ditaram a falência financeira das valências A.T.L, Centro de Dia e Apoio Domiciliário que lhe estavam afectas. Valeu, na altura a intervenção de um grupo de Vilacovenses, que alterou profundamente o sentido de descalabro financeiro em que se encontrava a Instituição.